通过特定操作可以解锁包括隐藏成就、隐藏任务与玩法、隐藏探索关卡以及隐藏养成系统在内的丰富内容。
游戏内设有一套深度隐藏成就系统，达成条件多样且通常不会直接显示。例如欧皇现世成就需要通过高级招将十连抽并获取高品质武将来触发，而非酋在世则要求玩家在列传关卡中扫荡上百次却不触发名将来袭事件，考验耐心与运气。部分成就与战斗策略紧密相关，如以慢打快需要玩家在二十次战斗中均打满二十回合，身先士卒则要求主线副本挑战中仅有主角阵亡。还有一些成就涉及资源管理，比如蓝色至纯需要将任意蓝色装备精炼至满级，恨铁不成钢则在武将培养时连续出现属性下降时达成。这些隐藏成就的奖励通常比常规成就更为丰厚。
除了成就，游戏世界中还散布着需要满足条件才能激活的隐藏任务与探索玩法。在少年三国志零中，支线任务通常需要完成特定主线或在特定地图触发事件后才会出现，玩家需仔细探索寻找隐藏地点和NPC，通过对话获取线索，并完成如击败特定敌人、收集道具或在时限内达成目标等要求。游戏中的问卦寻宝系统也是一个隐藏的探索亮点，玩家在冒险过程中可通过它获取惊喜奖励。部分隐藏任务设计得更为隐秘，例如与黄巾流派阵容搭配深度绑定，需要玩家利用特定武将的召唤技能并达成严苛的站位与时机条件才能完成。
游戏的关卡推进和角色养成中也蕴含隐藏机制。在某些特定探索副本如雾隐仙踪中，玩家不能闷头乱走，必须优先触发地图上的司南机关才能显露被隐藏的路径，错误的探索顺序会导致无法继续。在角色养成方面，当玩家等级达到40级开启宝物精炼功能时，一个隐藏的宝物精炼玩法也会同步开启，它使用专用的精炼石来提升宝物属性。而神兽秘境等高级玩法则需要玩家达到一定等级并完成主线任务后，才能在征战界面中找到入口，里面提供了培养强大神兽的机会。
