联合战斗组合是游戏的核心玩法之一，通过特定角色的搭配可以触发合体奥义，大幅提升战斗的观赏性和策略性。游戏中共有21组官方设定的合体奥义组合，涵盖原作中的经典羁绊关系，例如第七班、晓组织成员以及历代火影等。这些组合不仅还原了动画中的名场面，还为玩家提供了多样化的战术选择。
合体奥义的触发条件与角色组合直接相关。年轻时期的第七班（鸣人、佐助、小樱）可以发动团队螺旋丸，而成年后的第七班则能释放更华丽的联合技。晓组织的飞段与角都、迪达拉与蝎等反派组合也有专属奥义，例如邪神仪式·爆炎和艺术爆破·傀儡剧。玩家在角色选择界面会看到金色标识的奥义提示，表明当前组合可触发特殊效果。
游戏还设计了跨世代联合作战，例如秽土转生的千手柱间与宇智波斑能发动木遁·花树界降临，而初代、二代、三代火影的组合则可释放火之意志·传承。部分组合需要特定形态的角色，如九尾模式鸣人与秽土四代目火影的父子螺旋丸，或佐助与秽土鼬的天照·二重。这些设计既考验玩家对角色特性的了解，也增强了战斗的沉浸感。
除了主线角色，游戏还收录了机械鸣人、武斗祭专属角色等原创内容。机甲鸣人与雏田的守护八卦掌结合了科技与忍术元素，而年轻带土、卡卡西与四代目的三位一体则还原了师徒羁绊。玩家可通过生存模式或商店解锁这些角色，逐步探索全部组合。
合体奥义的战术价值不容忽视。部分组合能造成范围伤害或附加异常状态，例如佩恩六道与小南的神罗天征·纸雨兼具控场与输出。玩家需根据对手特性灵活搭配，例如对抗高防御角色时可选择破防能力强的千手柱间与宇智波斑组合。游戏内的奥义系觉醒系援护系三类战斗类型也进一步丰富了策略维度。
通过系统化梳理角色关系与技能联动，玩家能更高效地掌握联合战斗的精髓。建议优先解锁剧情模式中的关键角色，再通过自由对战练习奥义衔接，最终实现无缝连携的终极忍术。
